Si l'existence d'instruments de la famille des flûtes est attestée dès la Préhistoire, la flûte à bec dans sa configuration familière, avec un trou à l'arrière pour le pouce et sept ou huit trous à l'avant, n'apparaît qu'à la fin du Moyen Age : les premiers instruments conservés datent du XIVe siècle. L'iconographie médiévale présente de nombreux exemples d'autres types de flûtes simples ou doubles, sans doute sans trou pour le pouce, ou encore de joueurs de flûte et tambour jouant d'une flûte à trois trous avec une main.
Jusqu'au XVe siècle les instruments conservés comme ceux représentés dans l'iconographie sont assez aigus : les plus grands instruments représentés semblent correspondre à la flûte ténor. A la Renaissance, la flûte à bec, comme d'autres instruments, se développe en famille pour le jeu en "consort" (ensemble) de flûtes : un groupe de flûtes de toutes tailles, jusqu'aux grandes basses pouvant dépasser les deux mètres, est fabriqué et harmonisé ensemble pour permettre un son homogène. Les inventaires des cours comportent souvent un tel jeu de flûtes ; les musiciens d'Henri VIII disposaient ainsi d'un ensemble de 76 flûtes.
Les flûtes Renaissance étaient fabriquées en une ou deux parties et avaient une tessiture standard d'un peu moins de deux octaves ; la possibilité d'obtenir plus de notes est mentionnée dans plusieurs traités, le premier et le plus célèbre étant la Fontegara de Sylvestro Ganassi (1535), mais elle semble destinée aux joueurs assez expérimentés.
Vers 1650 la flûte change à nouveau de forme : elle est communément fabriquée en trois parties, la tête, le corps et le pied, et une modification de la perce permet un registre aigu plus étendu et plus facile à jouer. Elle est un instrument amateur assez apprécié pendant l'époque baroque, et de nombreuses partitions sont éditées pour ce public ; les musiciens professionnels jouaient pour la plupart plusieurs instruments.
La flûte à bec tombe en désuétude à la fin du XVIIIe siècle avant de réapparaître au XXe siècle non seulement dans le cadre de la renaissance des musiques anciennes, mais aussi dans la musique contemporaine.